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在南京注册公司并查询公司名称的网站，可以访问南京市市场监督管理局的官方网站。该网站提供了企业名称查询的功能，可以通过以下步骤进行。
1、访问南京市市场监督管理局的官方网站。
2、在网站首页找到“企业登记”或“企业服务”等相关选项。
3、在相关页面中找到“名称查询”或“名称预先核准”等选项。
4、输入想要查询的公司名称，点击查询按钮。
5、根据查询结果，了解所查询公司名称的可用性和注册情况。
在进行公司名称查询时，确保提供准确的名称信息，并参考查询结果中的详细信息，还可以咨询当地的工商行政管理部门或相关机构，以获取更详细和准确的信息。